Il convient de distinguer plusieurs zones constitutives du Marais Poitevin. Les Marais Mouillés demeurent une zone inondable. Périphériques, ils reçoivent les eaux des régions environnantes, bassins versants axés sur plusieurs fleuves et rivières : la Sèvre Niortaise, la Vendée et le Lay, mais aussi, d'une moindre importance, l'Autize, la Guirande, la Courance, le Mignon.

Si les Marais Mouillés n'occupent que 16 500 hectares, ils récupèrent les eaux pluviales de 630 000 hectares de bassins versants!

Les Marais Mouillés situés à l'Est, plus connus sous l'appellation touristique de "Venise Verte", se caractérisent par un réseau extrêmement dense de canaux découpant de petites parcelles bordées de frênes "têtards" (ététés) et de peupliers, utilisées comme pâturages ou pour des cultures maraîchères, offrant un cadre propice à la promenade en barque.

Moins visités car d'aspect différent, les Marais Mouillés du Sud-Vendée (moins boisés) ou du Lay (sans arbres), soumis aux mêmes contraintes hydrauliques, constituent des zones humides d'un intérêt écologique tout aussi considérable.